根據《中國共產黨紀律處分條例》規定，對黨組織的處理主要分為兩種情況：對一般違犯黨紀的黨組織，上級黨組織應當責令其作出書面檢查或者給予通報批評；對于嚴重違犯黨紀、本身又不能糾正的黨組織，上一級黨的委員會在查明核實后，根據情節的嚴重程度，可以予以改組或解散。
具體應當按照下列情形把握：一是對經審查發現存在嚴重違紀問題，應當受到撤銷黨內職務及以上處分的，給予其撤銷黨內職務及以上處分，不需要自然免職；二是對經審查發現存在違紀問題，應當受到警告或者嚴重警告處分的，給予其警告或嚴重警告處分，并自然免職；三是對經審查發現涉嫌違紀但短時間內難以查清的，先自然免職，再對其涉嫌違紀問題另案處理；四是對經審查未發現存在違紀問題的，自然免職。
在執行時，對受到自然免職處理的黨組織領導機構成員，應當注意：
一是自然免職后，所任該黨組織及其所屬黨的組織的黨內職務均自然撤銷。比如，某市委被改組處理，該市委常委、市委組織部部長所擔任的市委常委、委員、市委組織部部長以及市黨代會代表職務均自然免職。
二是自然免職后，所任黨外職務與該黨組織領導機構成員職務密切關聯的，通常應當建議黨外組織免去其所任黨外職務。比如，某市財政局黨組受到改組處理后，該市財政局黨組成員、副局長所任該市財政局黨組成員職務即自然免職，但其所任該市財政局副局長職務則需另行予以免職處理。
三是自然免職后，地方黨委中系省軍區（衛戍區、警備區）、軍分區（警備區）和縣、自治縣、不設區的市、市轄區的人民武裝部主官出任的地方黨委常委，在該地方黨委被改組處理后，其所任該地方黨委常委、委員職務即自然免職，但其所任省軍區（衛戍區、警備區）、軍分區（警備區）和縣、自治縣、不設區的市、市轄區的人民武裝部主官職務不屬于自然免職的范圍。
四是自然免職后，被改組處理的黨組織領導機構成員中系掛職干部的，其所任該黨組織及其所屬黨的組織的黨內職務均自然撤銷，但其所任原單位職務不屬于自然免職的范圍。
